台湾固东番之地，越在南纪，中倚层峦，四面环海。
台湾原本是东部番族居住的地方，地处南方，中间靠着层层山峦，四面被海环绕。
荒古以来，不通人世，土番魋结，千百成群，裸体束腰，射飞逐走，犹是游牧之代。
从远古以来，与世隔绝，当地土著梳着椎形发髻，成百上千地聚在一起，光着身子束着腰，射鸟兽追猎物，还处在游牧时代。
以今石器考之，远在五千年前，高山之番，实为原始；而文献无征，搢绅之士固难言者。
用现在出土的石器来考证，远在五千年前，高山上的番族，其实是最早的居民；但没有文献记载，读书人当然很难说清楚。
按史秦始皇命徐福求海上三神山，去而不返；又曰：『自齐威宣、燕昭使人入海求蓬莱、方丈、瀛洲。
据史书记载，秦始皇派徐福去寻找海上的三座神山，徐福去了就没回来；又说：从齐威王、齐宣王到燕昭王，都派人入海寻找蓬莱、方丈、瀛洲。
此三神山者，其传在渤海中，去人不远，患且至，则船风引而去。
这三座神山，传说在渤海之中，离人间不远，但船快要到的时候，风就会把船吹走。
盖尝有至者，诸僊人及不死之药皆在焉。
据说曾经有人到过，那里有仙人和长生不老的药。
其物禽兽尽白，而黄金银为宫阙。
那里的飞禽走兽都是白色的，宫殿是用黄金白银建的。
未至，望之如云。
还没到的时候，远远望去像云彩一样。
及到，三神山反居水下。
等船靠近，三座神山反而沉到水下。
临之，风辄引去，终莫能至云。
船要靠近时，风就把船吹走，终究没人能到达。
及至秦始皇并天下，至海上，则方士言之，不可胜数。
等到秦始皇统一天下，到了海边，方士们说起这事，数都数不过来。
始皇自以为至海上而恐不及矣，乃使人赍童男女入海求之。
秦始皇觉得自己亲临海上还怕求不到，就派人带着童男童女入海去寻找。
船交海中，皆以风为解，曰未能至，望见之焉』。
船只在海中来往，都拿风大当借口，说没能到达，只是远远望见过。
或曰，蓬莱、方丈为日本、琉球，而台湾则瀛洲也；语虽凿空，言颇近理。
有人说，蓬莱、方丈就是日本和琉球，而台湾就是瀛洲；这话虽然有点凭空猜测，但说起来倒是有点道理。
盖以是时航术未精，又少探险海外，飘渺虚无，疑为僊境，陋矣。
因为那时候航海技术不精，又很少去海外探险，就把那些缥缈虚无的地方，误认为是仙境，这见识可就浅薄了。
台湾与日本、琉球鼎立东海，地理气候大略相同，山川美秀，长春之花、不黄之草，非方士所谓僊境也欤？
台湾和日本、琉球在东海呈三角鼎立，地理气候大致相同，山川秀丽，四季有花，草木不枯，这不正是方士们所说的仙境吗？
今虽无可确证，而五百男女之散处日本、琉球者，后嗣不绝；然则秦时男女或有往来台湾者，未可知也。
现在虽然没有确凿的证据，但五百名童男童女散居在日本和琉球的，后代一直没有断过；那么秦朝时那些人或许也有往来台湾的，也说不准。
或曰，澎湖则古之方壶，而台湾为岱员；于音实似。
有人说，澎湖就是古代的方壶，而台湾是岱员；发音上确实很相似。
列子夏革曰：『渤海之东，不知几亿万里，有大壑焉，实维无底之谷，其下无底，名曰归虚。
列子中的夏革说：渤海的东面，不知几亿万里远，有个大深渊，实际上是个无底洞，底下没有底，名叫归墟。
其中有五山焉：一曰岱舆，二曰员峤，三曰方壶，四曰瀛洲，五曰蓬莱。
那里有五座山：第一叫岱舆，第二叫员峤，第三叫方壶，第四叫瀛洲，第五叫蓬莱。
其山高下周旋三万里，其顶平处九千里，山之中相去七万里，而五山之根无所连着，常随潮波上下往还，不得暂峙焉。
这些山高低方圆有三万里，山顶平坦的地方有九千里，山与山之间相距七万里，而五座山的根部都不连着地面，常常随着潮水波浪上下浮动，不能暂时停住。
僊圣毒之，诉之于帝。
仙圣们对此很苦恼，就向上帝告状。
帝怒，流于西极，失群圣之所居。
上帝发怒，把山流放到西极，让众圣失去了住所。
乃命禺强使巨鳌十五举首而戴之，迭为三番，六万岁一交焉；五山始峙』。
就命令禺强让十五只巨鳌抬起头来把山驮住，分三批轮流，六万年轮换一次；五座山才稳定下来。
夫澎湖与台湾密迩，巨浸隔之，黑流所经，风涛喷薄，瞬息万状，实维无底之谷，故名落漈；又有万水朝东之险，而言「风辄引去」也。
澎湖和台湾紧挨着，被大海隔开，黑潮经过那里，风浪汹涌，瞬间变化万千，实际上就是那种无底的深渊，所以叫落漈；又有万水朝东的险恶海流，所以才有“风一吹就把船带走”的说法。
台湾之山有高至海拔一万三千六百余尺、为东洋群山之特出者，长年积雪，其状如玉，故曰「望之如云」也。
台湾的山有高达海拔一万三千六百多尺的，是东洋群山中特别突出的，常年积雪，形状像玉一样，所以说“远远望去像云彩”。
或曰，台湾为古之东鳀。
有人说，台湾就是古代的东鳀。
后汉书东夷传曰：『会稽海外有东鳀人，分为二十余国。又有夷洲、澶洲。传言秦始皇遣方士徐福将童男女数千人入海求蓬莱神仙，不得，徐福畏诛，遂止此洲。会稽东冶县人有入海行、遭风流移至澶洲者，所在绝远，不可往来』。后汉书东夷传里说：会稽海外有东鳀人，分成二十多个国家。还有夷洲、澶洲。传说秦始皇派方士徐福带着几千童男童女入海寻找蓬莱神仙，没找到，徐福怕被杀，就留在了这个洲上。会稽东冶县有人出海航行，被台风吹到澶洲的，那个地方太远了，没法往来。
然则台湾之为瀛洲、为东鳀，澎湖之为方壶，其说固有可信，而澎湖之有居人，尤远在秦、汉之际。
那么台湾作为瀛洲、东鳀，澎湖作为方壶，这些说法确实有可信之处，而澎湖有人居住，更是早在秦汉时期。
或曰，楚灭越，越之子孙迁于闽，流落海上，或居于澎湖；是澎湖之与中国通也已久，而其见于载籍者则始于隋代尔。
有人说，楚国灭了越国，越国的子孙迁到福建，流落海上，有的住在澎湖；这样看来澎湖与中原往来已经很久了，但它出现在文献记载中，则是从隋朝才开始。
海防考曰：『隋开皇中，尝遣虎贲陈棱略澎湖地。其屿屹立巨浸中，环岛三十有六，如排衙。居民以苫茅为庐舍，推年大者为长，畋渔为业。地宜牧牛羊，散食山谷间，各牦耳为记。棱至抚之，未久而去』。
《海防考》记载：隋朝开皇年间，曾派虎贲将陈棱去攻取澎湖。那里的岛屿屹立在大海之中，周围有三十六个小岛环绕，像官署的差役排列一样。当地居民用茅草盖房子，推举年长的人当首领，以打猎捕鱼为生。土地适合放牧牛羊，牲畜散养在山谷间，各自在耳朵上做记号来区分。陈棱到了之后安抚了当地居民，没多久就离开了。
是为中国经略澎湖之始，而亦东入台湾之机也。
这是中国经营澎湖的开始，也是向东进入台湾的契机。
当是时，宇内既平，南北混一，声灵所布，讫于南蛮。
那时候，天下已经平定，南北统一，国家的声威和教化所及，一直延伸到南方少数民族地区。
而澎湖地近福建，海道所经，朝发夕至。
而澎湖靠近福建，是海上航道经过的地方，早晨出发晚上就能到达。
漳、泉沿海之黎民早已来往，耕渔并耦，不侵不衅，几为熙皞之世。
漳州、泉州沿海的百姓早已和澎湖有往来，农耕和渔业并重，互不侵犯、不惹事端，几乎称得上太平盛世了。
唯是书所言，颇有错谬。陈棱之拜虎贲，事在大业三年，而此为开皇中，相去几十余载。岂为追述之辞？
只是这本书里说的，有不少错误。陈棱被任命为虎贲将，是在隋炀帝大业三年，而这里却说是开皇年间，相差了几十年。难道是追述的话？
若其经略台湾，则详于隋书之琉球传也。
至于经略台湾的事情，则详细记载在《隋书》的《琉球传》里。
其传曰：『流求国在海中，当建安郡东，水行五日而至。土多山洞。其王姓欢斯氏、名渴刺兜，不知其由来，有国世数也。彼土人呼之为「可老羊」，妻曰「多拔荼」。所居曰波罗檀洞，堑栅三重，环以流水，树棘为藩。王所居舍，其大一十六间，雕刻禽兽，多斗镂树，似橘而叶密，条纤如发之下垂。国有四、五帅，统诸洞，洞有小王。往往有村，村有鸟了帅，并以善战者为之，自相树立，主一村之事。男女皆以白纻绳缠发，从项后盘绕至额。其男子用鸟羽为冠，装以珠贝，饰以赤毛，型制不同。妇人以罗纹白布为帽，其形正方，织斗镂皮并杂毛以为衣，制裁不一；缀毛垂螺为饰，杂色相间，下垂小贝，其声如佩；缀珰施钏，悬珠于颈；织藤为笠，饰以毛羽。有刀弰、弓箭、剑铍之属。其处少铁，刃皆薄小，多以骨角辅助之。编纻为甲，或用熊豹皮。王乘木兽，令左右舆之，而导从不过数十人。小王乘机，镂为兽形。国人好相攻击，人皆骁健善走，难死而耐创。诸洞各为部队，不相救助。两阵相当，勇者三、五人出前跳躁，交言相骂，因相击射。如其不胜，一军皆走，遣人致谢，即共和解，收取斗死者聚食之，仍以髑髅将向王所。王即赐以冠，使为队帅。无赋敛，有事均税。用刑无常准，皆临事科决。犯罪皆断于鸟丫帅，不服，则上请于王，王令臣下共议定之。狱无枷鏁，唯用绳缚。决死刑以铁锥，大如箸，长尺余，钻项杀之。轻罪用杖。俗无文字，望月盈亏以纪时节，候草木荣枯以为年岁。其人深目长鼻，颇类于胡，亦有小慧。无君臣上下之节、拜伏之礼。父子同床而寝。男子拔去髭须，身上有毛皆除去。妇人以墨鲸手，为虫蛇之文。嫁娶以酒肴珠贝为聘。或男女相悦，便相匹耦。妇人产乳，必食子衣。产后以火自炙，令汗出，五日便平服。以木槽中暴海水为盐，木汁为酢，酿米曲为酒，其味离薄。食皆用手。偶得异味，先进尊者。凡有宴会，执酒者必待呼名而后饮。上王酒者亦呼王名衔杯。其饮颇同突厥，歌呼蹋蹴，一人唱，众皆和，音颇哀怨，扶女子上膊摇手而舞。死者气将绝；轝至庭前，亲朋哭泣相吊。浴其尸，以布帛缠之，裹以苇草，衬土而殡，上不起坟。子为父者；数月不食肉。其南境风俗少异，人有死者，邑里共食之。有熊、罴、豺、狼，尤多猪、鸡；无牛、羊、驴、马。厥田良沃。先以火烧、而引水灌。持一插，以石为刃，长尺余，阔数寸，而垦之。士宜稻、梁、禾、黍、麻、赤豆、胡黑豆等。木有枫、栝、樟、松、梗、楠、枌、梓、竹、藤。果、药同于江表。风土气候舆岭南相类。俗祀山海之神，祭以酒肴。战斗杀人，便将所杀之人祭其神。或倚茂树起小屋；或悬髑髅于树上，以箭射之；或累石系幡以为神主。王之所居，壁下多聚髑髅以为佳。人间门户上必安兽头骨角。大业元年，海师何蛮等言：「每春秋二时；天清风静，东望依稀，似有烟雾之气，亦不知几千里」。三年，炀帝令羽骑尉朱宽入海访异俗，何蛮言之，遂与蛮俱往。因到流求国，言不相通，掠一人而返。明年，帝复令宽慰抚之，不从，宽取其布甲而还。时倭国使来朝，见之曰：「此夷邪久国人所用也」。帝遣虎贲陈棱、朝请大夫张镇周率兵，自义安浮海至高华屿，又东行二日至■〈句黾〉鼊屿，又一日便至流求。初，棱将南方诸国人从军，有昆仑人颇解其语，遣人慰谕之，流求不从，拒逆官军。棱击走之，进至其都，焚其宫室，载军实而还。自尔遂绝」。其陈棱传曰：『大业三年拜虎贲中郎将，后三岁，与朝请大夫张镇周发东阳兵万余人，自义安泛海击流求国，月余而至。流求人初见船舰，以为商旅，往往诣军中贸易。棱率众登岸，遣镇周为先锋。其主欢斯渴剌兜遣兵拒战，镇周频击破之。棱进至低没檀洞；小王欢斯老模率兵拒战，棱击破之，斩老模。其日雾雨晦冥，将士皆惧。棱刑白马祭海神，既而开霁。分为五军，趋其都邑。渴剌兜率众数千逆拒。棱又遣镇周为先锋，击走之，乘胜逐北，至其栅。渴剌兜背栅而阵，棱尽锐击之，从辰至未，苦斗不息。渴刺兜自以军疲，引入栅。棱遂填堑，攻破之，斩渴刺兜，获其子岛槌，虏男女数千而归』。闽书亦曰：『福州之福卢山，当隋之时，曾掠琉球五千户置此，尚有其裔』。是琉球者，台湾之古名；今之琉球，古曰冲绳。蓉洲文稿曰：『台湾、海中番岛，考其源则琉球之余种，自哈剌分支，近通日本，远接吕宋，控南澳、阻铜山，以澎湖为外援』。哈喇之音似为渴剌，而波罗檀之地今在何处，或以为葫芦墩，于音相近，或以为琅■〈王乔〉之部落。当隋之时，大安、大甲两溪汇合一流，浊水以北，犹巨海也，波罗檀为海滨高原，王都于是，以固险也。故自隋书以至宋、元所言之琉球，多属台湾。
《隋书·琉球传》记载：“流求国在大海之中，位于建安郡的东面，坐船五天可以到达。当地多山洞。他们的国王姓欢斯，名叫渴刺兜，不知道他的来历，也不知道传了多少代。当地人称呼国王为‘可老羊’，称王后为‘多拔荼’。国王住在波罗檀洞，外围挖了三道壕沟、修了三重栅栏，壕沟里有流水，种了荆棘当围墙。国王的住房有十六间大，雕刻着飞禽走兽的图案。当地有斗镂树，像橘树但叶子更密，细枝像头发一样下垂。国内有四五个大帅，统领各个山洞，山洞里有小王。一般还有村落，每个村子有鸟了帅，都由善战的人担任，各自建立势力，主管村中事务。男女都用白苎麻绳缠头发，从脑后盘绕到额头。男子用鸟羽做帽子，装饰着珠贝和红毛，样式各不一样。妇女用有罗纹的白布做帽子，帽子是正方形的。用斗镂树皮和各种杂毛编织成衣服，裁剪不一，衣服上缀着毛和螺作为装饰，颜色相间，垂下小贝壳，走起路来像玉佩一样响。她们还戴着耳环手镯，脖子上挂着珠子。用藤条编成斗笠，装饰羽毛。有刀鞘、弓箭、剑矛之类的兵器。那里缺少铁器，刀刃都又薄又小，大多用骨头和角做辅助。用苎麻编成盔甲，或者用熊皮豹皮做成。国王乘坐木兽，让左右的人抬着，随从不过几十人。小王乘坐的木制轿子，雕成兽形。国中的人们喜欢互相攻击，人人都骁勇矫健善于奔跑，不易死而且耐伤。各洞各自为战，不互相救助。两军对阵，三五名勇士上前跳跃叫骂，互相辱骂后就射箭攻击。如果不敌，全军就逃跑，派人去致谢，双方即和解，把战死者的尸体收拢来吃掉，并把头骨送到国王那里。国王就赐给头冠，让他当队长。没有固定的赋税，有事情就平均征税。刑罚没有固定标准，都临时决定。犯人由鸟了帅判决，不服就上报国王，国王让臣下共同商议决定。监狱里没有枷锁，只捆绑。死刑用铁锥，像筷子那么大、一尺多长，钻脖子把人杀死。轻罪用杖打。没有文字，看月亮圆缺来记时节，看草木荣枯来记年岁。那里的人眼窝深、鼻子长，很像胡人，也有小聪明。但没有君臣上下礼节和跪拜之礼。父子同床睡觉。男子拔掉胡须，身上有毛也全部除去。妇女用墨在手上刺青，画成虫蛇的图案。婚嫁用酒肉珠贝作聘礼。或者男女互相喜欢，就结成配偶。妇女生孩子，一定要吃胞衣。产后用火烤自己，让出汗，五天后就恢复。用木槽里的海水晒盐，用树汁做醋，用米曲酿酒，酒味淡薄。吃东西都用手。偶然得到美味，先献给长辈。凡有宴会，敬酒的人一定要等叫到名字才喝。给国王敬酒也呼叫国王的名字，衔着酒杯喝。他们喝酒的方式和突厥很像，唱歌踏脚，一人领唱，众人和声，声音很悲哀。扶着女子上肩膊摇手舞蹈。人快死的时候，抬到庭院前，亲戚朋友哭着吊唁。洗干净尸体，用布帛缠裹，再裹上苇草，垫上土然后出殡，上面不堆坟。儿子为父亲守孝，几个月不吃肉。南边边界风俗稍有不同，人死了，同村的人一起吃掉。有熊、罴、豺、狼，尤其多猪和鸡，但没有牛羊驴马。田地肥沃，先放火烧荒，再引水灌溉。拿着一种铁锹，用石头做刀刃，一尺多长，几寸宽，用来垦地。适宜种水稻、高粱、谷子、黍、麻、赤豆、黑豆等。树木有枫树、桧树、樟树、松树、梗木、楠木、枌树、梓树、竹子、藤条。水果和药材与江南相同。风土气候和岭南类似。习俗祭祀山海之神，用酒肉做供品。战斗中杀了人，就拿被杀的人祭祀神。有的在大树下建小屋，有的把头骨挂在树上用箭射，有的堆石头挂旗帜当神位。国王的住所，墙壁下多堆人头骨，认为吉利。民间百姓的大门上一定要安放兽头骨角。大业元年，航海者何蛮等人说：‘每年春秋两季，天晴风静时，向东远望，隐隐约约像有烟雾，不知道有几千里远。’三年，隋炀帝派羽骑尉朱宽入海寻访异俗，何蛮提议，就与何蛮一起去。因此到了流求国，但语言不通，掳了个人就回来了。第二年，炀帝又让朱宽去安抚他们，流求不服从，朱宽拿了他们的布甲回来。当时日本使者来朝，看见布甲说：‘这是夷邪久国人使用的。’炀帝派虎贲将陈棱、朝请大夫张镇周率兵，从义安渡海到高华屿，又向东航行两天到了鼊屿，再一天就到了流求。起初，陈棱带着南方一些国家的人从军，有个昆仑人比较懂当地语言，就派人去劝谕，流求人不从，抵抗官军。陈棱把他们打跑，进军到他们的都城，焚烧了王宫，装载军用物资回去了。从此就断绝了往来。”陈棱传里说：“大业三年陈棱被任命为虎贲中郎将，过了三年，和张镇周率领东阳兵一万多人，从义安渡海攻打流求国，一个多月到达。流求人初次见到船舰，以为是商船，常常到军中来做买卖。陈棱率众登岸，派张镇周当先锋。国王欢斯渴剌兜派兵来抵抗，张镇周连续打败他们。陈棱进军到低没檀洞，小王欢斯老模率兵抵抗，陈棱打败并斩了老模。当天大雾下雨，天色昏暗，将士们都害怕。陈棱杀白马祭海神，随后天就放晴了。分兵五路，直奔他们的都城。渴刺兜率几千人来迎战，陈棱又派张镇周当先锋，把他们打跑，乘胜追击，追到他们的栅栏前。渴刺兜背靠着栅栏布阵，陈棱全力进攻，从辰时打到未时，苦战不停。渴刺兜觉得自己的军队疲惫了，就退入栅栏内。陈棱就填平壕沟，攻破了栅栏，斩了渴刺兜，俘虏了他的儿子岛槌，虏获男女几千人回来了。”《闽书》也说：“福州的福卢山，在隋朝的时候，曾经掳掠了琉球五千户人家安置在这里，还有他们的后代。”所以琉球是台湾的古名；现在的琉球，古代叫冲绳。《蓉洲文稿》说：“台湾是海中的番岛，考证它的源头是琉球的残余分支，从哈剌分支出来，近通日本，远接吕宋，控扼南澳，阻隔铜山，以澎湖为外援。”哈剌的发音和渴剌接近，而波罗檀这个地方今天在哪里，有人认为是葫芦墩，发音相近，也有人认为是琅峤的部落。在隋朝的时候，大安溪和大甲溪汇合成一条水流，浊水溪以北还是一片大海，波罗檀是海边的台地，王都在这里，地势险要。所以从《隋书》到宋、元所说的琉球，多半是指台湾。
先是大中七年八月，商人钦良晖归自日本，与倭僧圆珍同船，为北风漂至琉球，见岸上数十人各执刀戈，良晖大惊，圆珍力祈不动尊，既而风回，乃至福建；是为日人发见台湾之始，其后遂不往来也。
此前在大中七年八月，商人钦良晖从日本回国，和日本僧人圆珍同船，被北风漂流到琉球，看见岸上有几十人各自拿着刀枪，钦良晖大惊，圆珍努力祈求不动尊佛保佑，后来风向回转，才到了福建；这是日本人发现台湾的开始，之后就没有往来了。
唐贞观间，马来群岛洪水，不获安处，各驾竹筏避难，漂泊而至台湾。当是时，欢斯氏遭隋军之后，国破民残，势穷蹙，马人乃居于海澨；以殖其种。是为外族侵入台湾之始。故台湾小志曰：『生番之语言，出自马来者六之一，出自吕宋者十之一，迤北于七村多似斐利宾语，说者谓自南洋某岛迁来」。其言近似。而统一之者为卑南王。王死之后，各社分立，以至今日。及唐中叶，施肩吾始率其族迁居澎湖。肩吾、汾水人，元和中举进士，隐居不仕，有诗行世。其题澎湖一诗，鬼市、盐水，足写当时之景象。而终唐之世，竟无与台湾交涉也。历更五代，终及两宋，中原板荡，战争未息，漳、泉边民渐来台湾，而以北港为互市之口；故台湾旧诗有「台湾一名北港」之语。北港在云林县西，亦谓之「魍港」。当是时，马人之在台湾者族强势大，遂攘土番而分据南北焉。淳熙之间，琉球酋长率数百辈，猝至泉之水澳、围头等村肆行杀掠。喜铁器及匙筋，人闭户则免，但刓其门镮而去。掷以匙筋，则俯拾之。见铁骑，争刓其甲，骈首就戮而不知悔。临敌用镖鎗，系绳十余丈为操纵，盖惜其铁而不忍弃也。不驾舟橶，缚竹为筏，急则群舁之，泅水而遁。与那国者，冲绳之一岛也。昔有长耳国人渡来，掠人为害。与那国人谋防御，造巨屦，投之海；长耳国人见而惊去。是为台湾番族侵掠外洋之始，而此为马人也。其黠者且乘艋舺渡大海至吕宋，以物交物，转贸于高山之番，至今犹有存者。故宋史曰：『流求国在泉州之东，有海岛曰澎湖，烟火相望。旁有毗舍耶国，语言不通，袒裸盱睢，殆非人类』。蒙古倔起，侵灭女真，金人泛海避乱，漂入台湾。宋末零丁洋之败，残兵义士亦有至者。故各为部落，自耕自赡，同族相扶，以资捍卫。
唐朝贞观年间，马来群岛发生洪水，居民无处安身，各自驾竹筏避难，漂流到台湾。那时欢斯氏遭受隋军打击之后，国破民残，势力困窘，马来人就住在海边繁衍生息。这是外族进入台湾的开始。《台湾小志》说：“生番的语言，出自马来语的占六分之一，出自吕宋的占十分之一，偏北的七村有很多像菲律宾语的，有人说是从南洋某岛迁来的。”这话有道理。而统一各部落的是卑南王。卑南王死后，各社分立，一直到现在。唐朝中期，施肩吾开始率领族人迁居澎湖。施肩吾是汾水人，元和年间中进士，隐居不做官，有诗流传于世。他题咏澎湖的诗，描写鬼市和盐水，足以反映当时的景象。但整个唐朝，竟然没有和台湾有什么交往。经历了五代，直到两宋，中原动荡不安，战火不息，漳州泉州的边境百姓逐渐来到台湾，以北港为交易的口岸；所以台湾旧诗里有“台湾一名北港”的说法。北港在云林县西边，也叫“魍港”。那时候，在台湾的马来人族强势大，就驱逐了土著番人，分据南北。南宋淳熙年间，琉球酋长率领几百人，突然来到泉州的水澳、围头等村大肆杀掠。他们喜欢铁器汤匙和筷子，人关上门就躲过，只挖掉门环就走。扔汤匙筷子给他们，就弯腰去捡。看见骑兵，争着刮铁甲，成群伸着脖子被砍也不知道后悔。作战时用标枪，系着十几丈长的绳子以便操纵，是爱惜铁器不忍心丢弃。不驾船，扎竹筏，急了就众人抬着跑，泅水逃走。与那国是冲绳的一个岛屿，从前有长耳国的人渡海而来，掳掠人口为害。与那国人谋划防御，做了一双巨大的鞋子扔进海里，长耳国人看见大惊而去。这是台湾番族侵掠外洋的开始，这些人是马来人。其中狡猾的还乘着独木船渡海到吕宋，以物易物，转卖给高山番人，至今还有残留。所以《宋史》说：“流求国在泉州东面，有个海岛叫澎湖，烟火可以相望。旁边有个毗舍耶国，语言不通，赤身裸体瞪着眼睛，简直不像人类。”蒙古崛起，灭掉女真，金人渡海避乱，漂流到台湾。南宋末年崖山战败，残兵和义士也有到台湾的。于是各自形成部落，自耕自足，同族互相扶持，以作防卫。
元世祖既宅区夏，余威震于殊俗，南洋诸岛悉入帡幪。至元十八年，元师伐日本，至九州岛海上，遇飓熸焉。诸将各择坚舰遁，至澎湖及台湾西岸，再遇风，乃归福建。二十三年，整兵造舰，谋再举，未发而止。二十八年秋九月，命海船副万户杨祥、合迷、张文虎并为都元帅，将兵征瑠求，置左右两万户府，官属皆从祥选辟。既又用福建吴志斗言祥不可信；宜先招谕之。乃以祥为宣抚使，佩虎符，阮鉴兵部员外郎，志斗礼部员外郎，并银符，赍诏往瑠求。明年，不得达瑠求而还。夫元之谋伐琉球，盖欲以扼日本也。故元史曰：『瑠求在南海之东，漳、泉、兴、福四州界内。澎湖诸岛与瑠求相对；亦素不通。天气清明时，望之隐约，若烟若雾，其远不知几千里也。西、南、北岸皆水，至澎湖渐低，近瑠求则谓之落漈。漈者，水趋下而不回也。凡西岸渔舟到澎湖已下，遇飓风发作，漂流落漈，回者百一。瑠求，在外夷最小而险者也，汉、唐以来，史所不载；近代诸番市舶，不闻至其国者。世祖至元二十八年九月，海船副万户杨祥请以六千军往降之；不听命，则遂伐之。朝廷从其请。继有书生吴志斗者，上言生长福建，熟知海道利病，以为若欲收附，且就澎湖发船往谕，相水势地利，然后兴兵未晚也。冬十月，乃命杨祥充宣抚使，给金符，吴志斗礼部员外郎，阮鉴兵部员外郎，并给银符，往使瑠求。诏曰：一收抚江南已十七年，海外诸番罔不臣属，唯瑠求迩在闽境，未曾归附，议者请即加兵。朕维祖宗立法：凡不庭之国，先遣使招谕，来则安堵如故；否则必致征讨。今止其兵，命杨祥、阮鉴往谕汝国，果能慕义来朝，存尔国祀，保尔黎蔗；若不效顺，自恃险阻，舟师奄及，恐贻后悔。尔其慎择之」！二十九年三月二十九日，自汀路尾澳舟行。至是日巳时，海洋中正东，望见有山长而低者，约去五十里。祥称是瑠求求国，鉴称不知的否。祥乘小舟至低山下，以其人众，不敢自上岸，命军官刘闰等二百余人，以小舟十一艘载军器，领三屿人陈辉者登岸。岸上人众不谙三屿人语，为其杀死者三人，遂还。四月二日至澎湖，祥责鉴、志斗已到瑠求文字，二人不从。明日，不见志斗踪迹，觅之无有也。先是志斗尝斥言祥生事要功，欲取富贵，其言诞妄难信。至是疑祥害之。祥顾称志斗初言琉球不可往，今祥巳至琉求而还，志斗惧罪逃去。志斗妻子诉于官。有旨发祥、鏖还福州置对，后遇赦，不竟其事。成宗大德元年，福建省平章政事高兴言：「今立省泉州，距瑠求为近，可伺其消息。或宜招宜伐，不必它调兵力，兴请就近试之」。九月，高兴遣省都镇抚张浩、福州新军万户张进赴瑠求国，擒生口一百三十余人而还』。是为中国再略台湾之事。当是时，澎湖居民日多，已有一千六百余人，贸易至者岁常数十艘，为泉外府。至元中，乃设巡检司，隶同安。澎湖之置吏行政自兹始。
元世祖统一中原后，余威震慑了四方异族，南洋各岛都纳入了保护范围。至元十八年，元军讨伐日本，到了九州岛海上，遭遇台风被烧毁。各将领各自挑选坚固的船只逃跑，到了澎湖和台湾西岸，又遇到风，才回到福建。二十三年，整顿兵马造战船，计划再次出征，但没出发就停止了。二十八年秋天九月，任命海船副万户杨祥、合迷、张文虎同为都元帅，带兵征讨琉求，设立左右两万户府，官员都由杨祥选拔。后又采纳福建吴志斗的意见，认为杨祥不可靠，应该先招降劝谕。于是任命杨祥为宣抚使，佩戴虎符，阮鉴为兵部员外郎，吴志斗为礼部员外郎，都佩戴银符，携带诏书前往琉求。第二年，没到达琉求就回来了。元朝谋划讨伐琉球，大概是想扼制日本。
《元史》记载：“瑠求在南海之东，漳、泉、兴、福四州境内。澎湖各岛和瑠求相对，一向也不通往来。天气清明时，远远望去隐约像烟像雾，不知道几千里远。西、南、北三面都是水，到澎湖逐渐变浅，靠近瑠求的地方就叫落漈。漈，就是水往下流不回头的地方。凡是西岸的渔船到了澎湖一带，遇到台风发作，漂流到落漈，能回来的只有百分之一。瑠求是外夷中最小的也是最险要的，汉唐以来史书没有记载，近代各番邦的商船也没听说到过那里。世祖至元二十八年九月，海船副万户杨祥请求带六千兵去招降，不服从就讨伐。朝廷同意了。接着有个书生吴志斗，上书说自己在福建长大，熟悉海道利弊，认为如果要收服，先从澎湖发船去劝谕，观察水势地利，之后再出兵也不晚。冬天十月，就命令杨祥充任宣抚使，给金符，吴志斗为礼部员外郎，阮鉴为兵部员外郎，都给银符，出使瑠求。诏书说：收复江南已经十七年，海外各番邦没有不臣服的，只有瑠求在福建境内却不曾归附，有人建议用兵。我想祖宗立法：凡是不臣服的国家，先派使者去招谕，归顺了就照旧安居；不服从就征讨。现在先不动兵，派杨祥、阮鉴去谕告你们国家，如果能仰慕道义来朝见，就保存你们的国祀，保护你们的百姓；如果不顺从，依仗险阻，大军到了，恐怕后悔。你们要慎重选择！二十九年三月二十九日，从汀路尾澳出发航行。到了当天巳时，在大海正东方向，望见一座又长又低的山，大约离五十里。杨祥说是瑠求国，阮鉴说不知道是不是。杨祥乘小船到低山下，因为对方人多，不敢自己上岸，命令军官刘闰等二百多人，坐十一条小船载着兵器，带着三屿人陈辉登岸。岸上的人不懂三屿人的话，被他们杀了三人，就回来了。四月二日到澎湖，杨祥要求阮鉴、吴志斗出具到过瑠求的文字证明，两人不答应。
第二天，吴志斗不见了，找也没找到。此前吴志斗曾斥责杨祥多生事端、要功劳想求富贵，他的话荒诞不可信。这时怀疑是杨祥害了他。杨祥反而说吴志斗当初说琉球不可去，现在杨祥已经到过琉球回来了，吴志斗畏罪逃走。吴志斗的妻子告到官府。下旨发下杨祥、阮鉴回福州对质，后来遇到大赦，没有定案。成宗大德元年，福建省平章政事高兴说：“现在泉州设立行省，离瑠求近，可以探听消息。或者招降或者征伐，不必从别处调兵，请让我就近试办。”九月，高兴派省都镇抚张浩、福州新军万户张进前往瑠求国，俘虏了一百三十多人回来。”这是中国第二次经略台湾的事。那时候澎湖居民逐渐增多，已有一千六百多人，每年来做贸易的有几十艘船，成了泉州的外府。至元年间，设立了巡检司，隶属于同安。澎湖设置官吏行政就从这里开始。
明初宇内未平，桀惊之徒聚为海寇，出入澎湖，以掠沿海。洪武五年，信国公汤和经略海上，议徙澎民于近郭，以绝边患。廷议可之。二十年，遂废巡检，尽徙其人于漳、泉，而墟其地。自是澎湖遂为海寇巢窟。永乐中，太盬郑和舟下西洋，诸夷靡不贡献，独东番远避不至。东番者，台湾之番也。和恶之，率师入台。东番降服。家贻一铜铃，俾挂项间。其后人反宝之，富者至掇数枚。是为中国三略台湾之事。初，和入台，舟泊赤嵌，取水大井。赤嵌，番社名，为今台南府治，共井尚存。而凤山有三宝姜，居民食之疾瘳，云为郑和所遗。则和入台且至内地，或谓在大冈山也。嘉靖四十二年，海寇林道干乱，遁入台湾。都督俞大猷追之至海上，知水道纡曲，时哨鹿耳门以归，乃留偏师驻澎湖，寻罢之。居民又至，复设巡检；已亦废之。道干既居台湾，从者数百人，以兵劫土番，役之若奴。土番愤，议杀之。道干知其谋，乃夜袭杀番，以血衅舟，埋巨金于打鼓山，逸之大年。
明朝初年天下未定，强悍不法之徒聚成海盗，出没澎湖，抢劫沿海。洪武五年，信国公汤和在海上用兵，提议把澎湖居民迁到内地，消除边患。朝廷同意了。洪武二十年，就撤销了巡检司，把澎湖居民全部迁到漳州泉州，让那里荒废。从此澎湖就成了海盗的巢穴。永乐年间，太监郑和船队下西洋，各番邦无不进贡，只有东番远远避开不来。东番就是台湾的番人。郑和厌恶他们，就带兵进入台湾。东番降服了。郑和每家给一个铜铃，让他们挂在脖子上。后来那里的人反而把铜铃当宝贝，富有的甚至有多个。这是中国第三次经略台湾的事。当初郑和进入台湾，船停泊在赤嵌，在大井取水。赤嵌是个番社的名字，就是现在台南府治所在地，那口井还在。凤山有三宝姜，居民吃了治好了病，据说是郑和留下的。那么郑和到台湾还到了内地，有人说是在大冈山一带。嘉靖四十二年，海盗林道干作乱，逃到台湾。都督俞大猷追他到海上，知道水道弯曲复杂，当时从鹿耳门侦察后回去，就留下一支偏师驻扎澎湖，不久又撤了。居民又回来，重新设立巡检司，后来又废了。林道干在台湾住下来，随从几百人，用武力抢劫土著番人，像奴隶一样役使他们。土著番人愤怒了，商议要杀他。林道干知道这个计划，就在夜里偷袭杀了番人，用血祭船，把大量金银埋藏在打鼓山，然后逃到大年去了。
万历二十年，日本伐朝鲜，沿海戒严。哨者谓有将侵淡水、鸡笼之议，明廷以澎湖密迩，议设兵戍险。二十五年，始设游兵，春冬汛守。于是澎湖复为中国版土。四十五年，日人入龙门港，遂有长戍之令。
明朝万历二十年，日本攻打朝鲜，中国沿海都进入戒备状态。侦察人员报告说日本有入侵淡水、鸡笼的打算，明朝因为澎湖很近，就商议派兵驻守险要地方。万历二十五年，才设立游动兵力，在春季和冬季的汛期驻守。从此澎湖又成为中国领土。万历四十五年，日本人进入龙门港，朝廷于是下令长期驻守。
初，日本足利氏之末叶，政乱民穷，萨摩、肥前诸国之氓相聚为盗，驾八幡船，侵掠中国沿海，深入闽、浙，而以台湾为往来之地，居于打鼓山麓，名曰高砂，或曰高山国。
当初，日本足利幕府的末期，政治混乱百姓穷困，萨摩、肥前等地的百姓聚在一起当海盗，驾驶八幡船，侵扰掠夺中国沿海，深入福建、浙江，并把台湾作为往来中转的地方，住在打鼓山脚下，把这里叫做高砂，也有人叫高山国。
高砂为日本播州海滨之地，白沙青松，其境相似，故名；或曰是番社之名也。
高砂本是日本播州海边的一个地方，有白沙青松，景色相似，所以起了这个名字；也有人说这是当地番社的名字。
当是时，日本征夷大将军丰臣秀吉既伐朝鲜，谋并台湾。二十一年十一月，命使者原田孙七郎至吕宋，途次赐书高山国，劝其入贡。
那时，日本征夷大将军丰臣秀吉已经讨伐了朝鲜，又谋划吞并台湾。万历二十一年十一月，他派使者原田孙七郎前往吕宋，途中给高山国送去书信，劝他们向日本进贡。
书曰：『夫日轮所照临，虽至海岳、山川、草木、禽虫，莫不受他恩光也。
信中说：太阳照耀的地方，哪怕是大海山岳、山川草木、飞禽走兽，没有不承受它的恩泽光辉的。
予际欲处慈母胞胎之时，有瑞梦。其夜日光满室，室中如昼，诸人不胜惊愕。
我还在母亲腹中的时候，做过一个吉祥的梦。那天夜里满屋子都是阳光，照得像白天一样，大家都很惊愕。
相士相聚占卜之，曰：「壮年辉德色于四海，发威光于万方之奇异也」。
算命的人聚在一起占卜，说：“这是壮年时德行光辉照耀四海、威严光芒发射到各地的奇异征兆。”
故不出十年之中，而诛不义，立有功，平定海内。
所以不出十年，我诛灭不义之人，奖赏有功之士，平定了国内。
异邦遐陬向风者，忽出乡国，远泛抢海，冠盖相望，结辙于道，争先而服从矣。
远方异邦的人仰慕威名，纷纷离开家乡，远渡重洋，使者车马络绎不绝，争先恐后前来归附。
朝鲜国者，自往代于本朝有牛耳盟，久背其约。
朝鲜国从以前就与我们日本有盟约，却长久地背弃了诺言。
况又予欲征大明之日，有反谋。此故命诸将伐之。国王出奔，国城付一炬也。
更何况我想征讨大明的时候，他们又有反叛的图谋。所以我命令将领们去讨伐。他们的国王逃跑了，国都城池也被一把火烧了。
闻信已急，大明出数十万援兵，虽及战斗，终依不得其利，来勒使于本邦肥之前州而乞降。
听说消息紧急，大明出了几十万援兵，虽然交战，终究没占到便宜，派使臣到我们肥前州来请求投降。
徭之筑十个城营，收兵于朝鲜域中庆尚道，而履决真伪也。
我们让朝鲜筑了十个城营，把军队收在朝鲜境内的庆尚道，以决定真伪。
如南蛮琉球者，年年献土宜，海陆通舟车，而仰予德光。
像南蛮、琉球这些地方，年年进贡土特产，海路陆路车船往来，仰仗我的恩德光辉。
其国未入幕中，不进庭，罪弥天。
而你们这个国家还没入幕府、没来朝见，罪过很大。
虽然不知四方来享，分为其地疏志，故原田氏奉使命而发船。
虽然你们不知道四方来朝贡的道理，这也是因为地处偏僻，所以原田氏奉使命坐船前来。
若是不来朝，可令诸将攻伐之。生长万物者日也，枯渴万物者亦日也。思之不具』！如果不来朝见，就命令将领们去攻打。生长万物的是太阳，干枯万物的也是太阳。你们好好想想吧！
三十二年，山田长政赴暹罗，途次台湾。于时日本人在台日多，或采金于哆啰满，或寄居小琉球。
万历三十二年，山田长政前往暹罗，途中经过台湾。那时日本人在台湾的越来越多，有的在哆啰满采金矿，有的寄居在小琉球。
既复攻鸡笼番，胁取其地。明朝忧之，乃增澎湖游兵。
之后又攻打鸡笼的番人，胁迫夺取了他们的土地。明朝对此感到忧虑，就增加了澎湖的游动兵力。
秀吉死，德川家康嗣大将军，戡平内乱，图远略，奖励海外贸易，其船之出洋者给朱印状以保护之。
丰臣秀吉死后，德川家康继任大将军，平定了内乱，谋划远略，鼓励海外贸易，给出洋的船只发给朱印状来保护。
四十三年，村山等安受高砂渡航朱印状。等安，肥前人，奉景教，家康委以经略台湾之事。
万历四十三年，村山等安接受了前往高砂的朱印状。等安是肥前人，信奉天主教，德川家康把经略台湾的事委托给他。
欲利用其教以收服土番，乃率其子来。家康以兵三千与之，欲取为附庸。然以无援，故不成。
他想利用天主教来收服当地土著，就带着儿子前来。德川家康给了他三千士兵，想占领台湾作附庸。但是因为没有后援，所以没成功。
先是中山遣使于明日，日本有取台湾之议，明廷命警备沿海，及是而罢。
此前，中山国派使者到明朝和日本，日本有夺取台湾的提议，明朝命令沿海戒备，到这时候才停止。
天启元年，海澄人颜思齐率其党入居台湾，郑芝龙附之；事在其传。
天启元年，海澄人颜思齐率领他的同伙进入并居住在台湾，郑芝龙依附于他；这件事记载在各自的传记中。
于是漳、泉人至者日多，辟土田，建部落，以镇抚土番，而番亦无猜焉。
从此，漳州、泉州去的人一天天多起来，开辟土地农田，建立村落，以镇抚土著番人，番人对他们也没有猜疑。
居无何，思齐死，众无所立，乃奉芝龙为首。芝龙最少，才冠其群，陆梁海上，官军莫能抗。
过了没多久，颜思齐死了，大家没有首领，就推举郑芝龙为首领。郑芝龙年纪最小，但才能超过众人，在海上横行霸道，官军不能抵抗。
朝议招抚。以蔡善继习芝龙，为书招之。芝龙感激归命。及降，善继坐戟门，令芝龙兄弟泥首，芝龙屈意下之，而一军皆哗，竟叛去。
朝廷商议招安他。因为蔡善继认识郑芝龙，就写信去招降。郑芝龙受感动而归顺。等到投降时，蔡善继坐在戟门，命令郑芝龙兄弟跪地磕头，郑芝龙屈意服从，但全军哗然，最终又叛离了。
复居台湾，劫截商民，往来闽、粤之间。六年，泊于漳浦之白镇，与官军战胜，遂趣中左所。中左所者，厦门也。
他又回到台湾，抢劫商民，在福建广东之间往来。天启六年，船停泊在漳浦的白镇，与官军交战获胜，于是直取中左所。中左所就是厦门。
督师俞咨皋与战败，又佚之。中左人开门纳之。祟祯元年九月，率所部降于督师熊文灿，而其党有留台湾者。
督师俞咨皋与他交战失败，又被他打败。中左所的人打开城门放他进去。崇祯元年九月，他率领部下向督师熊文灿投降，但他的同党中有留在台湾的。
当是时，海寇曾一本、李魁奇先后据澎湖，以侵掠福建，嗣为官军所灭。
那时候，海盗曾一本、李魁奇先后占据澎湖，侵扰掠夺福建，后来被官军消灭。
先是万历初，有葡萄牙船航东海，途过台湾之北。自外望之，山岳如画，树木青葱，名曰科摩沙，译言美丽。是为欧人发见台湾之始。越三十余年，而荷人乃至矣。
此前万历初年，有葡萄牙船只在东海航行，途中经过台湾北部。从外面望去，山岳如画，树木青翠，就起名叫科摩沙，翻译过来就是“美丽”的意思。这是欧洲人发现台湾的开始。过了三十多年，荷兰人就到了。
荷兰为欧洲强国，当明中叶，侵夺爪哇，殖民略地，以开东洋贸易之利。万历二十九年，荷人驾夹板，携巨炮，薄粤东之香山澳，乞互市。
荷兰是欧洲强国，明朝中期，侵占了爪哇，殖民扩张，以开拓东方贸易的利益。万历二十九年，荷兰人驾驶夹板船，带着大炮，靠近广东香山澳，请求通商互市。
粤吏难之，不敢闻于朝。当是时，中国闭关自守，不知海外大势，而华人之移殖南洋者巳数百万，政府且欲禁之。
广东官员为难他们，不敢上报朝廷。那时候，中国闭关自守，不了解海外大势，而华人移居南洋的已有几百万人，政府还想禁止。
海澄人李锦久居大年，习荷语。其友潘秀、郭震亦贾于南洋者。锦见荷酋麻韦郎曰：『若欲通商，无如漳州。漳州之南有澎湖，南北交通之要地也，诚能踞而守之，则互市不难』。
海澄人李锦久居大年，通晓荷兰语。他的朋友潘秀、郭震也是在南洋经商的。李锦对荷兰首领麻韦郎说：“你们要想通商，没有比漳州更好的地方了。漳州南边有澎湖，是南北交通的要地，如果能占据并守住那里，互市就不难了。”
麻韦郎曰：『守土官不许，奈何』？曰：『税使高寀嗜金钱，无远虑，若厚贿之，必奏闻。得天子一报可，而守土官谁敢抗哉』？
麻韦郎说：“当地官员不允许，怎么办？”李锦说：“税使高寀贪财，没有远见，如果送他厚礼，他一定会上报。得到天子批复同意，地方官谁敢违抗呢？”
锦乃为作书，一移寀及兵备守将，令秀、震赍往。守将陶拱圣大骇，亟白当事，系秀于狱。震惧不敢入。而荷人俟之久，三十七年秋七月，驾二巨舰抵澎湖。
李锦就替他们写了信，一封给高寀和兵备守将，让潘秀、郭震带去。守将陶拱圣大惊，赶紧禀报上司，把潘秀关进监狱。郭震害怕不敢进城。而荷兰人等了很久，万历三十七年秋天七月，驾驶两艘大船抵达澎湖。
时明兵已撤，遂登陆，伐木筑屋，为久居计。锦潜入漳州，诡言被获逃归。守吏知其事，并下狱。遣使说荷人去澎，不谐。
当时明朝守军已经撤走，荷兰人就登陆，砍伐树木盖房子，作长久居住的打算。李锦偷偷潜入漳州，谎称被俘后逃回来。守城官员知道了这事，把他一起关进监狱。派人去劝说荷兰人离开澎湖，没有成功。
高寀亦令密使周之范往见荷人，说以三万金馈寀，即许互市。荷人喜，与约。事垂成矣，总兵施德政侦其事，檄都司沈有容将兵往谕。有容负胆智，大声论辩。荷人心折，曰：『我从未闻此言』。索还所馈金，以货物赠寀。寀不答。福建巡抚徐学聚亦严禁国人下海，犯者诛。锦等旋论死，而荷人亦去澎湖。
高寀也派密使周之范去见荷兰人，说用三万两银子送给高寀，就答应互市。荷兰人很高兴，约定好了。事情快要成功了，总兵施德政侦察到了这事，发公文让都司沈有容带兵前去劝谕。沈有容有胆有智，大声与他们论辩。荷兰人心服，说：“我从未听过这样的话。”要求退还所送的金银，把货物送给高寀。高寀不答理。福建巡抚徐学聚也严禁国内百姓下海，违者处死。李锦等人很快被处死，荷兰人也离开了澎湖。
天启二年，荷人再乞互市，不许，遂侵掠沿海。冬十月，荷将以船舰十七艘再至澎湖，据之。澎民数千谋拒守。荷人劫以兵，夺渔舟六百余。筑城妈宫，役死者千三百人。复于风柜尾、金龟头、峙裹、白沙、渔翁诸岛各造炮台，以防守海道。
天启二年，荷兰人再次请求互市，没被允许，就侵扰掠夺沿海。冬天十月，荷兰将领率十七艘船舰再次到达澎湖，占据那里。几千澎湖百姓谋划抵抗坚守。荷兰人用武力威胁，抢夺了六百多艘渔船。在妈宫筑城，劳工死了一千三百人。又在风柜尾、金龟头、峙裹、白沙、渔翁各岛建造炮台，以防守海路。
初，荷人撤退澎湖之时，巡抚南居益上疏请修防备，未举而荷人再至，复上疏请逐。天启三年夏六月，以兵二千入镇海港，破炮台，进攻妈宫城。荷人恐，潜结海寇，以八船窥福建，出没金、厦间。
起初，荷兰人撤离澎湖时，巡抚南居益上疏请求加强防备，还没实施荷兰人又来了，于是再次上疏请求驱逐。天启三年夏天六月，率兵二千进入镇海港，攻破炮台，进攻妈宫城。荷兰人害怕，暗中勾结海盗，用八艘船窥视福建，出没于金门、厦门之间。
四年春正月，居益复遣总兵俞咨皋伐之，荷人大败，禽其将高文律，斩之。八月，荷人请和，许之，与互市，乃退澎湖，而东入台湾。
天启四年春天正月，南居益又派总兵俞咨皋讨伐他们，荷兰人大败，俘虏了他们的将领高文律，杀了他。八月，荷兰人请求讲和，答应了他们，与之互市，荷兰人就退出澎湖，向东进入台湾。
先是，海澄人颜思齐居台湾，郑芝宠附之。既去，而荷人来，借地于土番。不可。绐之曰：『愿得地如牛皮，多金不惜』。许之。乃剪皮为缕，周围里许，筑热兰遮城以居，驻兵二千八百人。附近土番多服焉。
此前，海澄人颜思齐居住在台湾，郑芝龙依附他。他们离开后，荷兰人来了，向土著番人借地。番人不答应。荷兰人骗他们说：“只要一块牛皮大的地就行，多给钱不在乎。”番人答应了。于是把牛皮剪成细条，围了一里多的地方，修筑热兰遮城居住，驻兵二千八百人。附近的番人多归顺了他们。
六年夏五月，西班牙政府自吕宋派远征军，以朗将之，率战舰入据鸡笼，筑山嘉鲁城，驻兵防守。而台之南北遂为荷、西二国所割据。
天启六年夏天五月，西班牙政府从吕宋派出远征军，由朗将军率领，率战舰进入并占据鸡笼，修筑山嘉鲁城，驻兵防守。台湾南北从此被荷兰、西班牙两国分别割据。
当荷人入台之前，日本人已先在此；以台湾为南洋所经之地，往来频繁。及荷人至，课丁税；日人以先来之故，不从，法令亦不能强其奉行。
在荷兰人进入台湾之前，日本人已经先在这里了；他们把台湾当作南洋经过的地方，往来频繁。等到荷兰人来了，征收人头税；日本人因为是先来的，不服从，荷兰人的法令也不能强迫他们执行。
于是始与台湾领事有隙。爪哇总督嘉尔匾芝欲挫日本贸易，擢其子俾敕尔卢为台湾领事，且命至长崎理交涉之案。俾敕尔卢莅任未久，而滨田弥兵卫之事起。
于是开始与台湾领事产生矛盾。爪哇总督嘉尔匾芝想打击日本贸易，提升他的儿子俾敕尔卢为台湾领事，并命令他去长崎处理交涉案件。俾敕尔卢到任不久，就发生了滨田弥兵卫事件。
初，长崎代官末次平藏受幕府命，航海往福州，途次澎湖，为荷人所苦。归大愤，、欲雪耻，谋诸长崎市人滨田弥兵卫。弥兵卫素负勇侠，慨然许之。与其弟小左工明子新藏率市中壮士十二人，以崇祯八年春三月二十日至台。同船华人某告荷人。荷人验其船，搜夺兵器及楫，留之。牒报爪哇总督，请处分。
起初，长崎代官末次平藏受幕府之命，航海前往福州，途中经过澎湖，被荷兰人刁难。回来后非常气愤，想雪耻，与长崎市民滨田弥兵卫商量。弥兵卫一向以勇敢侠义著称，慨然答应。他与弟弟小左工明子新藏率领市中的壮士十二人，在崇祯八年春天三月二十日到达台湾。同船的某个华人向荷兰人告密。荷兰人检查了他们的船，搜走兵器船桨，把他们扣留。并上报爪哇总督，请求处理。
弥兵卫淹留四月，不得归，罄售货物，久之无所得食，愤甚。六月二十九日，率众三人至领事厅，预伏援兵，面求解缆。不听。弥兵卫大怒，直前劫之，左右愕眙，伏兵尽起。有执兵入卫者，新藏挥刀斩之，诸皆畏惧莫敢动。乃拉领事归旅馆。
弥兵卫被扣留了四个月，不能回去，卖光了货物，久了没吃的，非常愤恨。六月二十九日，他带了三个人到领事厅，预先埋伏了援兵，当面要求解开缆绳放行。领事不答应。弥兵卫大怒，径直上前挟持了他，左右的人都惊愕呆住，伏兵一齐出动。有人拿兵器进来护卫，新藏挥刀砍了他，其他人都害怕不敢动。于是把领事拉回旅馆。
领事告其属，示媾意。若日人果有复仇之心，则以兵拒之。弥兵卫亦虑有变，乃与立约。曰：以领事之子及官一、荷人三为质，而日本亦以末次平藏之侄及五人交质。曰：荷兰领事须放前捕土番十一人及华人通译，并归其财产。曰：应以相抵之物赠弥兵卫，以洗前耻。曰：日本人所失华丝二万觔，须以八万六千盾赔偿之。凡约五日而成，七月初四日交质。明日，囚荷人于长崎。既而领事之子瘐死狱中。其后七年，始放荷人归国。自是日人之势力始震于台湾。及锁港之令行而后绝迹。
领事告诉他的下属，表示愿意和谈。如果日本人真有复仇之心，就出兵抵抗。弥兵卫也担心有变，就与他立约。内容如下：一、以领事的儿子和一名官员、三名荷兰人为人质，日本也以末次平藏的侄子和五个人交质。二、荷兰领事须释放先前抓捕的十一名土著番人和华人翻译，归还他们的财产。三、应以相抵的礼物赠给弥兵卫，以洗刷前耻。四、日本人损失的中国丝两万斤，须用八万六千荷兰盾赔偿。总共用了五天达成协议，七月初四交换人质。第二天，把荷兰人关押在长崎。后来领事的儿子死在狱中。过了七年，才放荷兰人回国。从此日本人的势力开始震动台湾。等到日本实行锁港令之后，日本人就绝迹了。
二年，西人复入淡水，筑罗岷古城，为犄角，驻领事，辟土田，以镇抚土番。当是时，鸡笼、淡水均为荒秽之地，华人亦少至者，草茀瘴毒，居者辄病死，故西人亦大费经营也。五年，西船遭飓至蛤仔难海岸，为土番劫杀，发兵讨之。六年，西人始至大浪泵，南讫竹堑，谋殖民，而神甫辄遭番害，乃止。
天启二年，西班牙人又进入淡水，修筑罗岷古城，形成犄角之势，派驻领事，开辟土地，以镇抚土著番人。那时，鸡笼、淡水都是荒芜之地，华人也很少去，杂草丛生瘴气毒害，住的人常病死，所以西班牙人也大费经营。天启五年，西班牙船只遇台风到蛤仔难海岸，被土著番人抢劫杀害，于是发兵讨伐。天启六年，西班牙人开始到达大浪泵，南到竹堑，谋划殖民，但神甫常遭番人杀害，就停止了。
当荷人入台之时，福建沈鈇上书巡抚南居益曰：『红夷潜退大湾，蓄意叵测。征兵调兵，殊费公帑。昨僭陈移檄暹罗，委官宣谕，约为共逐。未知可允行否？澎湖虽僻居海外，实泉、漳门户也。无论红夷湾泊，即日本、西洋吕宋诸国亦所必经，地最险要，山尤平坦。南有港门，直通西洋，红夷筑城据之。北有港门，名镇海港，官兵渡澎居之。中间一澳，从南港门而入，名曰暗澳，可泊舟数百只。四围山地，可开作园，栽种黍稷瓜果，牧养牛羊牲畜，未可遽垦为田，以山多顽土，无泉可灌也。今欲使红夷不敢居住澎湖，诸国不得往来澎湖，其策有六：一曰专设游击一员，镇守湖内；二曰招募精兵二千余名，环守湖外；三曰造大船，制火器，备用防守：四曰招集兵民，开垦山荡，以助粮食；五曰建设公署营房，以妥官兵；六曰开通东西洋吕宋商船，以备缓急。此六议似当斟酌举行者。夫澎湖险地，什倍南澳，地在海岛，夙盗薮也。万历初年，抚台刘凝斋公祖移会广东制台，题设副总兵坐镇于中，抵今兵民完聚，田土开辟，屹为海邦重镇，俾夷不敢窥伺，漳、潮赖以安枕，信明验矣。今澎湖可仿而行之；请设游击一员，坐镇湖内，仍设左右翼把总哨官，为之辅佐，择闽中惯历风涛、谙练水路者充之；无事则演艺守汛，有事则料敌出奇，俾诸夷不得复窥中土。并议久任责成，凡兵之进退、粮之出入，咸游击是赖，三载加衔，六载成绩，特升大将。每岁或委廉干佐贰，不时查点。如兵士有虚捏、月粮有克减，参处查究，追出银两以充兵饷；庶知劝惩，永奠沃壤。殆与南澳一镇，并为闽中屏翰矣。此议设游击之策一也。夫有官守，必有兵戍。戌守哨探之兵，非二千余名不可。每名月粮九钱，此定例也。其粮饷或出自漳、泉二府，或支自布政司库，原有定议。沿海捕鱼之民，慎择以充之。或拨出洋远探若干名，遇贼则攻击之、或拨港内守城若干名，有警则应援之。游击标下亲兵与把总哨官人役，各自另设，不许占用水陆戍兵一人，不许虚冒戍兵月粮一分。其月粮按季开支。该道委海防馆照名数凿凿包封，逐名唱给，不许将官总哨代领，以防克减；尤不许防馆吏书需索常例，以夺兵食。此游兵营堡宿弊，亟宜申明禁革之。凡汛地之守探，具数总报院道，以便查考。夷情之缓急，飞报院道防馆，以便调度。一或误事，自有军法。庶水陆并进，犬牙相制；澎岛一带，可保无虞。此议戍兵之策二也。夫各寨游船，每板薄钉稀，委官制造，价银十不给半，一遇海涛，便自溃裂，安可出战？今宜令驾船者领价监造。每船历几汛方许修理，载几汛方许改拆，而拆造仅给半价，则造船驾船均出一手，或不敢以敝漏之舟，自试蛟龙之窟耳。若火药，尤红夷所惧者。中左所火攻，已破其胆。火舟四集，自尔宵遁，则火舟当多备明甚。而大铳大船尤不可少者。宜造大船十余只，安置大铳十余门，布列港口，俟贼至夹攻之。夷酋惮我长技，不惟不敢侵我疆土，且远遁无敢再出矣。此议造船火器之策三也。澎湖山地，虽云顽土，不堪垦田，而遍度膏腴之区，或可播种禾谷者。即黍、稷、麻豆、甘蔗、果木，均可充兵民口食之需。须广招同安、海澄滨海黎庶乏田园可耕者，多四、五百人，少亦二、三百人，俾挈犁锄种子以往。就居拨地，听其垦种。每人量给二、三十亩，仍带妻子，方成家业。并畜牛羊，捕钓鱼类，少资糊口。仍禁游击总哨各官，不许索租粒食。各戍兵下班之日，有能用力种植者亦听之。明示十年以内，决不抽税。俟十年以后，田园果熟，酌量每亩抽银二、三分，以为犒赏官兵之费用。务使民兵相安，永远乐业。此议招民开垦园地之策四也。夫官既守海，必有公廨居之。戍兵、寓民，亦须籍营房、寮舍为藏身计。今议盖游击府公署，或在镇海港口，或在娘妈宫前，当查旧基扩充之。标兵量拨百名，环列左右。仍设仓廒数间，为贮粮之所。择宽广为较场，以备操练。而暗澳口相对二铳城及东北面大中墩，各量置营舍，以为守御，方免各兵暴露。船兵营兵轮流拨用，少均劳逸。即招募种植民居，就今自盖房舍，或官量给房价，咸附兵营居住，相依为命，守望相助。此议设官廨、兵营之策五也。夫澎湖大湾上下，官兵船只把港，则番船不许出入，红夷不许互市，无待言者。然泉、漳二郡商民，贩东西两洋，以代农贾之利，比比然也。自红夷肆掠，洋船不通，海禁日严，民生憔悴。一伙豪右奸民，倚藉势官，结纳游总官兵，或假给东粤高州、闽省福州及苏、杭买货文引，载货物出外海，径往交趾、日本、吕宋等国买卖觅利。中以硝磺器械违禁，接济更多，不但米粮饮食也。禁愈急而豪右出没愈神，法愈严而衙役卖放更饱。且恐此辈营生无路，东奔西窜，如李旦、黄明佐之俦仍走夷乡，代为画策，更可虑也。故不如俟澎湖岛设兵镇后，红夷息肩，暂复旧例，听洋商明给文引，往贩东西二洋。经过澎湖，赴游府验引放行，不许需索阻滞。回船之日，若有夷人在船，即拿送上司，以奸细论。庶可生意饱商民之腹，亦可以夷增中国之利。俟澎湖设官建城之后，可徐议为之。此议通商便民之策六也。以上迂议六款，似可为澎湖善后之一助。而通商一款，亦聊备后日变通之微权。伏望宪台不弃迂朽，仍会藩、臬、巡海、守巡司道洎总兵、副、参等衙门。面议停妥，一面题请，一面举行。非但澎湖一岛堪与南澳并称重镇，而八闽士民永有攸赖矣』。居益不从。
当荷兰人进入台湾的时候，福建人沈鈇上书给巡抚南居益说：“红夷（荷兰人）偷偷退到大湾，居心叵测。征兵调兵，很费公款。我先前冒昧建议发公文给暹罗，派官员去宣示晓谕，约定共同驱逐他们，不知道能不能批准施行？澎湖虽然地处海外，其实是泉州、漳州的门户。不论红夷停泊，还是日本、西洋吕宋等国，都必经此地，位置最险要，山势尤其平坦。南边有个港口，直通西洋，红夷筑城占据。北边有个港口，叫镇海港，官兵过澎湖驻扎在这里。中间有个海湾，从南港进去，叫暗澳，可以停泊几百只船。四周山地，可以开垦成园子，种黍稷瓜果，养牛羊牲畜，但不能马上开垦成水田，因为山上多硬土，没有泉水灌溉。
现在想让红夷不敢住在澎湖，各国不能往来澎湖，有六个策略：一是专门设一名游击将军，镇守澎湖；二是招募精兵二千多人，环守在澎湖外围；三是造大船、造火器，作防守准备；四是招集军民，开垦山坡荒地，补助粮食；五是建设办公官署和营房，安置官兵；六是开通东西洋吕宋的商船，以备紧急情况。这六项建议似乎应当斟酌实行。澎湖险要之地，比南澳重要十倍，地处海岛，一向是盗贼的老窝。
万历初年，巡抚刘凝斋公祖移会广东制台，上奏设立副总兵坐镇其中，到现在兵民聚集，土地开辟，俨然成了海疆重镇，使外夷不敢窥视，漳州潮州因而得以安枕，这确实是明显的证明。现在澎湖可以仿照办理：请设游击一员，坐镇澎湖，并设左右翼把总哨官作辅佐，从福建挑选久经风浪、熟悉水战的人担任；无事就练兵守汛，有事就料敌出奇，使外夷不得再窥视中原。并建议长期任职、明确责任，凡是兵员进退、粮食出入，都由游击负责，三年加衔，六年成绩好的，特别升为大将。每年或委派清廉能干的副手，不时检查清点。如兵士有虚假、月粮有克扣，就追究查处，追回银两充作兵饷；这样才有奖惩，永远奠定这块肥沃的土地。那样就和南澳镇一样，都成为福建的屏障了。这是建议设游击的第一策。有了官员守卫，就必须有兵防守。戍守巡逻的兵，非二千多人不可。每名兵每月粮饷九钱银子，这是规定。粮饷来源或出自漳州泉州两府，或由布政司库支付，原有规定。沿海捕鱼的百姓，要谨慎挑选来充兵。或者派若干人出海远探，遇贼就攻击；或者派若干人港内守城，有警就接应。游击标下的亲兵和把总哨官的人役，各自另外设立，不许占用一名水陆戍兵，不许虚报冒领一分戍兵月粮。月粮按季度发放。该道委派海防馆按名数清清楚楚包好，逐个点名发放，不许将官总哨代领，以防克扣；尤其不许海防馆的吏书索要常规好处，抢夺兵士口粮。这些都是游兵营堡的积弊，应当赶紧申明禁止革除。各汛地的防守巡逻，把数目汇总报告院道，以便查考。夷情缓急，飞报院道防馆，以便调度。如有误事，自有军法处置。这样才能水陆并进，互相牵制；澎湖一带，可以保证安全。这是建议戍兵的第二策。各寨游船，往往板薄钉稀，委派官员制造，给的银两不到一半，一遇海涛，就自己破裂了，怎么能出战？现在应该让驾船的人领款监造。每条船经过几汛才允许修理，行驶几汛才允许改造拆换，而拆换只给一半价钱，这样造船驾船都是同一个人，或许不敢拿破烂漏水的船，自己去蛟龙窟里试吧。至于火药，更是红夷所害怕的。中左所的火攻，已经打破了他们的胆。火船四面包围，自然会夜里逃走，所以多备火船是很明显的。而大炮大船更不可少。应该造大船十多只，安放十多门大炮，排列在港口，等敌人来了夹攻。夷酋害怕我们的长技，不但不敢侵犯我们疆土，还会远远逃走不敢再出来了。这是建议造船火器的第三策。
澎湖山地，虽然说是硬土，不能垦成水田，但仔细看看肥沃的地方，或许可以播种谷物。就是黍、稷、麻、豆、甘蔗、果木，都可以满足军民口粮的需要。应该广泛招集同安、海澄沿海缺乏田地可耕的百姓，多的四五百人，少的两三百人，让他们带犁锄种子前往。到了就给地，让他们垦种。每人酌情给二三十亩，还要带妻子，才能成家立业。同时养牛羊，捕鱼类，稍微贴补生活。还要禁止游击总哨各官，不许收租要粮。各戍兵下班的日子，有能用力种植的也听便。明确宣示十年以内，决不抽税。等十年以后，田园确实熟了，酌情每亩抽银二三分，作为犒赏官兵的费用。一定要使军民相安无事，永远安居乐业。这是建议招民开垦园地的第四策。官员既守海，必须有公署居住。戍兵和移民，也需要营房寮舍安身。现在建议盖游击府公署，或在镇海港口，或在娘妈宫前，应当查找旧基加以扩建。标兵酌情拨一百名，环列左右。还要盖几间仓库，作为存粮的地方。选宽阔的地方作校场，以备操练。暗澳口相对的两座炮城和东北面的大中墩，各酌情设置营房，作为守御，才能避免各兵露宿。船兵营兵轮流调用，稍微平均劳逸。招募来种植的居民，就让他们自己盖房，或官方酌情给些房价，都依附兵营居住，相互依靠，守望相助。这是建议设官署兵营的第五策。
澎湖大湾上下，官兵船只把住港口，则番船不许出入，红夷不许互市，不用说。但泉州漳州两郡的商民，贩运东西两洋，代替农业商业利润，比比皆是。自从红夷肆意抢掠，洋船不通，海禁日益严厉，民生凋敝。一伙豪强奸民，倚仗势官，结交游总官兵，或假借广东高州、福建福州及苏杭买货的公文，载货物出外海，径直前往交趾、日本、吕宋等国买卖获利。其中硝磺器械等违禁品，接济更多，不只是米粮饮食。禁令越急而豪强出没越神出鬼没，法律越严而衙役卖放获利越饱。而且恐怕这些人谋生无路，东奔西窜，像李旦、黄明佐之类的人又跑到外国，替他们出谋划策，更令人担心。所以不如等澎湖设兵镇守后，红夷停歇，暂时恢复旧例，允许洋商明确发给公文，前往东西二洋贩运。经过澎湖，到游击府检验公文放行，不许敲诈勒索阻碍。回船的时候，如果有夷人在船上，就抓送上司，按奸细论处。或许可以让生意填饱商民的肚子，也可以借外夷增加中国的利益。等澎湖设官建城之后，可以慢慢商议实行。这是建议通商便民的第六策。
以上迂腐的六条建议，或许可对澎湖善后有所帮助。而通商一条，也姑且备作日后变通的权宜之计。恳望宪台不嫌弃我迂腐老朽，再会集布政使、按察使、巡海、守巡司道以及总兵、副将、参将等衙门。当面商议妥当，一面奏请朝廷，一面开始实行。不但澎湖一岛可以与南澳并称重镇，而且八闽士民将永远有所依靠了。”南居益没有采纳。
八年，给事中何楷奏陈靖海之策，其言曰：『今欲靖寇氛，非墟其窟不可。其窟维何？台湾是也。台湾在澎湖岛外，距漳、泉止两日夜程，地广而腴。初，贫民至其地，窥渔盐之利，后见兵威不及，往往聚而为盗。近则红毛筑城其中，与奸民互市，屹然一大部落。墟之之计，非可干戈从事，必严通海之禁，俾红毛无从谋利，好民无从得食，出兵四犯，我乘其虚而击之，可大得志。红毛舍此而去，然后海氛可靖也』。不听。
崇祯八年，给事中何楷上奏陈述平定海寇的策略，他说：“如今要平定寇乱，非捣毁他们的老巢不可。他们的老巢是什么？就是台湾。台湾在澎湖岛之外，距离漳州、泉州只有两昼夜的路程，土地广阔而肥沃。起初，贫民到那里，贪图打渔晒盐的利益，后来看见官军兵力到不了，常常聚集起来当海盗。近来红毛（荷兰人）在其中筑城，与奸民互市，俨然成了一个大部落。捣毁它的办法，不能单靠武力，必须严加海禁，让红毛没法谋利，奸民没法得到粮食，他们出兵四处侵犯时，我们趁其内部空虚而攻击，可以大获全胜。红毛离开这里，然后海上的骚乱就可以平定了。”朝廷没有采纳。
十年，荷人犯粤东，乞互市，不许，归而整理台湾。先是东印度公司经营爪哇，及据台湾，更增势力。数年之间，地利日辟。厥土黑壤，一岁三熟。而华人来者日多，凡有一万五、六千人，以与中国、日本互市。守吏俸禄薄，不足用，亦各营商业，博私利。于是荷人商务冠于东洋。然课税繁重。制王田，募民耕之，计田以甲，每丁征税四盾。领台之初，岁收三千一百盾，其后增至三万三千七百盾。盖移殖者众，而岁入亦巨也。
崇祯十年，荷兰人侵犯广东东部，请求互市，没有被允许，回去后整顿台湾。此前东印度公司经营爪哇，等到占据台湾后，势力更强。几年之间，土地不断开发。那里的土壤是黑土，一年三熟。而来台湾的华人日益增多，总共有一万五六千人，与中国和日本进行贸易。守城官员俸禄微薄，不够用，也各自经营商业，谋求私利。于是荷兰人的商务在东洋名列前茅。但征税繁重。实行王田制度，招募百姓耕种，按甲计算田亩，每个成年男子征税四盾。统治台湾初期，每年收税三千一百盾，后来增加到三万三千七百盾。大概是因为移民多了，所以年收入也巨大。
十二年，东印度公司派员来台，视行政。六月，荷将郎必即里哥率夹板犯闽浙，闽抚邹维琏拜郑芝龙为将，破之。自是不敢窥闽海。
崇祯十二年，东印度公司派员来台湾视察行政。六月，荷兰将领郎必即里哥率夹板船侵犯福建浙江，福建巡抚邹维琏任命郑芝龙为将，打败了他们。从此荷兰人不敢窥视福建海面。
十三年，荷人以西人之据北鄙也，上书爪哇总督，欲发兵逐之。而西人方与葡萄牙合，谋夺其海权。然荷人国力方盛。夏五月，台湾领事波宇烈士致书西人，请撤退，曰：『余不忍生民罹祸，女其速举城降』。西领事昂萨路复曰：『城固在也，女其来取』！八月，荷人以战舰攻鸡笼，不胜。已而吕宋有事，裁戍兵，荷人乘势攻之。翌年春三月，又以兵五百伐淡水。西人战不利，闭城守，久而援绝。九月初四日，乃弃城走。凡西人据台十六年，而为荷人所逐。
崇祯十三年，荷兰人因为西班牙人占据北部，上书爪哇总督，想发兵驱逐他们。而西班牙人正与葡萄牙人联合，谋划夺取海上霸权。但荷兰国力正盛。夏天五月，台湾领事波宇烈士写信给西班牙人，请他们撤退，说：“我不忍心百姓遭祸，你快举城投降吧。”西班牙领事昂萨路回信说：“城就在这里，你来取吧！”八月，荷兰人用战舰攻打鸡笼，没打胜。不久吕宋那边有事，西班牙裁减了驻兵，荷兰人趁势进攻。第二年春天三月，又派兵五百讨伐淡水。西班牙人作战不利，闭城坚守，久了援兵断绝。九月初四，就弃城逃走。西班牙人占据台湾共十六年，被荷兰人赶走。
弘光元年，台湾领事集归化土番之长老，设评议会，以布自治之制。分番社为南、北二路，立村长，理民政，奉领事约束。每年三月初八日开于北路，四月初四日开于南路。其时归化番社，曰新港，曰目加溜湾，曰萧垄，曰麻荳，曰大穆降，曰大杰颠。每年五月初二日，主计官集公所，召商贌社，谓之社商。凡番耕猎之物悉畀之，而与以日用之物。其令严密，番莫敢犯。当是时，土地初辟，森林未伐，麋鹿之属满山谷，猎者领照纳税，其皮折饷，售于日本，肉则为脯。荷人以牧畜之利，南北二路设牛头司，放收生息，千百成群。犊大，设栏禽之，以耕以挽。
弘光元年，台湾领事召集归顺的土著番人长老，设立评议会，推行自治制度。把番社分为南、北两路，设立村长，管理民政，服从领事的约束。每年三月初八在北路开会，四月初四在南路开会。当时归顺的番社有：新港、目加溜湾、萧垄、麻荳、大穆降、大杰颠。每年五月初二，主计官在公所召集商人承包番社，称为社商。凡是番人耕种打猎的产物都交给他们，而给他们日用品。法令严格，番人不敢违犯。那时候，土地刚开发，森林没砍伐，麋鹿之类满山遍野，猎人领执照纳税，鹿皮折抵军饷，卖到日本，肉做成肉干。荷兰人经营畜牧之利，南北两路设牛头司，放牧繁殖，成百上千成群。小牛大了，就设栏杆圈住，用来耕作和拉车。
永历二年。荷人始设耶稣教堂于新港社，入教者已二千余人。各社设小学，每学三十人，课以荷语、荷文及新旧约。牧师嘉济宇士又以番语译耶教问答及摩西十诫授番童，拔其毕业者为教习。于是番人多习罗马字，能作书。削鹅管略尖斜，注墨于中，挥写甚速，凡契券公文均用之。三年，五学学生凡六百余名。荷人又与番妇婚，教化之力日进。
永历二年，荷兰人开始在新港社设立耶稣教堂，入教的已有二千多人。各社设立小学，每校三十人，教授荷兰语、荷兰文以及新旧约圣经。牧师嘉济宇士又用番语翻译了基督教问答和摩西十诫教给番童，选拔毕业的人当教员。于是番人大多学会了罗马字母，能写字。把鹅毛管削得略尖斜，注入墨水，书写很快，凡是契约公文都用这种文字。永历三年，五所学校的学生共有六百多名。荷兰人又与番妇通婚，教化的力量日益增进。
十年，荷人复筑城赤嵌，背山面海，置巨炮，增戍兵，与热兰遮城相犄角。华人移住虽多，终为所苦，遂进而谋独立。十一年，甲螺郭怀一集同志，欲逐荷人，事泄被戮。怀一在台开垦，家富尚义，多结纳，因愤荷人之虐，思歼灭之。九月朔，集其党，醉以酒，激之曰：『诸君为红毛所虐，不久皆相率而死。然死等耳，计不如一战。战而胜，台湾我有也。否则亦一死。唯诸君图之』！众皆愤激欲动。初七夜伏兵于外，放火焚市街，居民大扰，屠荷人，乘势迫城。城兵少，不足守，急报热兰遮。荷将富尔马率兵一百二十名来援，击退之。又集归附土番，合兵进击，大战于大湖，郭军又败，死者约四千。是役华人诛夷者千数百人。
永历十年，荷兰人又在赤嵌筑城，背山面海，安置大炮，增加守兵，与热兰遮城形成犄角之势。华人虽然移住很多，终究受其欺压，于是进而谋求独立。永历十一年，甲螺郭怀一召集同志，想驱逐荷兰人，事情泄露被杀害。郭怀一在台湾开垦，家富有、讲义气，广交朋友，因愤恨荷兰人的暴虐，想消灭他们。九月初一，召集同党，灌醉了酒，激励他们说：“各位被红毛虐待，不久都将相继死去。但死都一样，不如一战。战胜了，台湾就是我们的。战败也不过一死。各位考虑吧！”众人都激愤想动手。初七夜里在外面埋伏兵力，放火焚烧市街，居民大乱，屠杀荷兰人，乘势逼近城池。城里兵少，守不住，急忙报告热兰遮。荷兰将领富尔马率一百二十名兵来援救，打退了他们。又召集归顺的土著番人，合兵进击，在大湖大战，郭怀一的军队又败，死了约四千人。这一役华人被杀害的有一千几百人。
怀一之谋既挫，数年无事。及闻延平郡王郑成功威震东南，荷人恐，增兵备。而成功以中原多故，未遑征讨。金陵败后，穷蹙两岛，乃稍稍议迁。荷人亦大戒严，辄捕华人之富家为质，遇有嫌疑，即囚之，或杀之。华人含恨，遂汹汹欲动。十四年，台湾领事鄂易度请援于印度公司。命爪哇派舰十二，运兵来守。于是台湾戍兵计有三千五百人。舰将以为无恐，移书厦门，诘成功曰：『若欲战乎？抑欲和乎』？成功答曰：『余不欲战也』。而台湾领事终不释。荷兰评议会谓其多事，召归兵舰。舰长既还，遂劾鄂易度畏怖，将召归，以郭冷谷代之。未至而郑师来伐。
郭怀一的谋划失败后，几年无事。等到听说延平郡王郑成功威震东南，荷兰人害怕了，增派兵力防备。而郑成功因为中原战事多，顾不上征讨。金陵战败后，困守在金门、厦门两岛，才渐渐商议迁居。荷兰人也大加戒备，常常抓捕华人富户当人质，遇到有嫌疑的，就关押或杀掉。华人含恨，于是骚动起来。永历十四年，台湾领事鄂易度向印度公司请求援兵。命令爪哇派十二艘战舰，运兵来防守。于是台湾守兵总计有三千五百人。舰队将领以为可以无恐了，发信到厦门，质问郑成功说：“你是想战，还是想和？”郑成功回答说：“我不想战。”但台湾领事终究不放心。荷兰评议会议认为他多事，召回兵舰。舰长回来后，就弹劾鄂易度胆小怕事，要召他回去，以郭冷谷代替。郭冷谷还没到任，郑成功的军队就来讨伐了。
十五年，成功在两岛，地蹙军孤，议取台湾。适荷兰甲螺何斌负债走厦，盛陈沃野千里，为天府之国，且言可取状。成功览其图叹曰：『此亦海外之扶余也』！召诸部计议。吴豪对曰：『藩主以进取台湾下问，豪闻其水路险恶，炮台坚利，纵有奇谋，亦无所用，不如勿取』。成功曰：『此常俗之见，不足用于今日』。黄廷曰：『果如吴豪之言，是以兵与敌也。勿取为便』。成功又曰：『此亦常见尔』。马信曰：『藩主所虑者，以诸岛难以久拒清人也。夫欲壮其枝叶，必先固其根本，此万全之计。今乘将士闲暇，不如先统一旅，往视其地，可取则取，否则作为后图，亦未为晚』。而诸将终以险远为难。唯杨朝栋力陈可取。成功意锐；捩舵束甲，率兵二万五千，三月泊澎湖，令陈广、杨祖、林福、张在守之。徇曰：『本藩矢志恢复，念切中兴。曩者出师北讨，未奏肤功，故率我将士，冒波涛，欲辟不服之地，暂寄军旅，养晦待时。非敢贪恋海外，苟延安乐也。唯天唯祖宗之灵，其克相余』！至鹿耳门，则水骤涨丈余，大小战舰衔尾而渡，纵横毕入。荷人大惊，以为自天而下。引兵登陆，克赤嵌城。荷人退保热兰遮，以兵二百四十击郑师。郑师四千绕城战，荷军大败，亡一队长。而郑舰亦击沉荷舰，余悉遁。荷舰摩阿利走报爪哇，阻风五十三日始达。郑师攻城不下。四月二十六日，成功命使者以书告曰：『执事率数百之众，困守城中，何足以抗我军？而余尤怪执事之不智也。夫天下之人固不乐死于非命，余之数告执事者，盖为贵国人民之性命，不忍陷之疮痍尔。今再命使者前往致意，愿执事熟思之。执事若知不敌，献城降，则余当以诚意相待。否则我军攻城，而执事始揭白旗，则余亦止战，以待后命。我军入城之时，余严饬将士，秋毫无犯；一听贵国人民之去。若有愿留者，余亦保卫之，与华人同。夫战败而和，古有明训；临事不断，智者所讥。贵国人民远渡重洋，经营台岛，至势不得已而谋自卫之道，固余之所壮也。然台湾者，中国之土地也，久为贵国所踞。今余既来索，则地当归我，珍瑶不急之物悉听而归。若执事不听，可揭红旗请战，余亦立马以观，毋游移而不决也。生死之权，在余掌中，见机而作，不俟终日。唯执事图之』！鄂易度复书不从。其明日果树红旗，聚男子于城中，毁市街。郑师攻之不克，乃筑长围以困之，出略平野。于是多杀荷人，报宿怨也。郑师捕其商人罗谷具，令入城劝降。荷人不从。又捕其民五百，悉斩以徇。爪哇评议会既劾鄂易度，以郭冷谷代之；方二月而摩阿利至，始知郑师伐台，乃复鄂易度之职，派兵七百、船十艘驰援。郭冷谷既至台湾，远望红旗，而港口又郑舰云集，惧向日本而去。既而瓜哇援兵踵至，城兵亦乘势出击。郑师力战，荷军又败，失船二。乃召回鸡笼、淡水戍兵，潜载妇孺逃归，谋死守。于是郑师暂息。会清使自福州来，约荷人先取金、厦，荷人从之，调军舰五艘往，遭风破没，余舰又归爪哇，而台湾之兵力愈薄。当郑师之按兵也，有华人自城中出，请急攻，陷其南隅。荷人恐。成功又告之，乃降。十二月初三日，率残兵千人而去，而台湾复为中国有矣。是役也，陷围七月，荷兵死者千六百人。自天启四年，至永历十五年，荷兰据有台湾凡三十八年，而为成功所逐。于是郑成功之威名震乎寰宇。
永历十五年，郑成功在金门厦门两岛，地盘狭小兵力孤单，商议夺取台湾。恰好荷兰甲螺何斌负债逃到厦门，极力陈说台湾沃野千里，是天府之国，而且说可以夺取的情况。郑成功看了地图感叹说：“这也是海外的扶余国啊！”召集各将领商议。吴豪回答说：“藩主问进取台湾的事，我听说那里的水路险恶，炮台坚固，即使有奇谋，也没用，不如不取。”郑成功说：“这是平常人的见解，不适用于今天。”黄廷说：“如果像吴豪说的，那就是以兵送敌。不取为好。”郑成功又说：“这也是常见之见。”马信说：“藩主所忧虑的，是各岛难以长久抵抗清人。要想壮大枝叶，必须先稳固根本，这是万全之计。现在趁将士闲暇，不如先统一支部队，去看看情况，可取得就取，不行就作日后打算，也不晚。”但各将领终究认为险远难办。只有杨朝栋极力陈说可取。郑成功意志坚决，调转船头披挂盔甲，率兵两万五千人，三月停泊澎湖，命令陈广、杨祖、林福、张在防守澎湖。下令说：“本藩立志恢复，一心想着中兴。以前出兵北伐，没成大功，所以率领将士，冒着波涛，想开辟不服之地，暂且驻扎军队，养精蓄锐等待时机。不敢贪恋海外，苟且偷安享乐。愿上天和祖宗之灵，保佑我成功！”到了鹿耳门，海水突然涨了一丈多，大小战舰首尾相连渡过去，纵横驶入。荷兰人大惊，以为从天而降。郑军登陆，攻克赤嵌城。荷兰人退守热兰遮城，派兵二百四十人攻击郑军。郑军四千人绕城作战，荷军大败，死了一个队长。郑军战舰也击沉荷兰军舰，其余都逃走了。荷兰军舰摩阿利号逃到爪哇报信，途中遇风停了五十三天才到。郑军攻城不下。四月二十六日，郑成功派使者送信说：“阁下率数百之众，困守城中，怎能抵抗我军？我尤其奇怪阁下的不智。天下之人本不愿死于非命，我多次告知阁下，是为了贵国人民的性命，不忍心让他们遭受战祸。现在再派使者致意，愿阁下深思。阁下若知不敌，献城投降，我当以诚意相待。否则我军攻城，阁下才开始举白旗，我也停止战斗，等待后命。我军入城时，我会严令将士，秋毫无犯，听凭贵国人民去留。有愿留下的，我也保护他们，与华人一样。战败而和，古有明训；临事不决，智者所讥。贵国人民远渡重洋，经营台湾，到了形势不得已才谋求自卫，我固然佩服。但台湾是中国土地，久为贵国占据。现在我来索取，土地当归还我，珍宝等不急之物尽可带走。若阁下不听，可举红旗请战，我也立马观看，不要犹豫不决。生死之权，在我掌中，见机行事，不必等一天。请阁下考虑！”鄂易度回信不服从。第二天果然举红旗，把城中男子聚集起来，拆毁市街。郑军攻城不克，就筑长围困住他们，出兵攻占平地。于是多杀荷兰人，报旧怨。郑军俘虏了荷兰商人罗谷具，让他入城劝降。荷兰人不从。又俘获其百姓五百人，全部斩首示众。爪哇评议会弹劾鄂易度后，以郭冷谷代替他；才两个月摩阿利号到达，才知道郑军讨伐台湾，于是恢复鄂易度的职务，派兵七百、船十艘紧急救援。郭冷谷到了台湾，远远望见红旗，而港口又停满郑军战舰，害怕就驶向日本去了。不久爪哇援兵陆续到达，城中也乘势出击。郑军力战，荷军又败，损失两条船。于是召回鸡笼、淡水守兵，悄悄载着妇孺逃回去，图谋死守。郑军暂时停战。恰好清使从福州来，约荷兰人先取金门厦门，荷兰人听从，调五艘军舰前往，遇风破没，其余军舰又回爪哇，台湾兵力更加薄弱。郑军停兵之时，有华人从城中出来，请求急攻，攻破南角。荷兰人害怕了。郑成功又去告知，于是投降。十二月初三，荷兰人率残兵一千人离开，台湾又归中国所有了。这一战，围城七个月，荷兰兵死了一千六百人。从天启四年到永历十五年，荷兰占据台湾共三十八年，被郑成功驱逐。从此郑成功的威名震动天下。
连横曰：台湾之名，始于何时，志乘不详，称谓互异。我民族生斯长斯，聚族于斯，而不知台湾之名义，毋亦数典而忘其祖欤？余尝考之史籍，验之地望，隋、唐之际，以及宋、元，皆称琉球。明人不察，乃呼东番。故「凤山县志」曰：『或元以前，此地与澎湖共为一国，而同名琉球』。「台湾小志」亦曰：『闽人初呼台湾为小琉球，而称冲绳为大琉球』。称台湾为小琉球，不知其何所据？「文献通考」谓琉球在泉州之东，有岛曰澎湖，水行五日而至，旁为毗舍耶。「台海使槎录」谓毗舍耶则指台湾，非也。毗舍耶为吕宋群岛之一，密迩台湾，其名犹存，故曰其旁也。而旧时之称者曰北港。「方舆纪略」曰：『澎湖为漳、泉门户，而北港即澎湖之唇齿。失北港则唇亡齿寒，不特澎湖可虑，即漳、泉亦可忧也。北港在澎湖东南，亦谓之台湾』。按北港一名「魍港」，即今之「笨港」，地在云林县西，曩为海舶出入之口，而往来者遂以北港名台湾也。「台湾县志」曰：『荷兰入北港，筑城以居，因称台湾』。然台湾之名果始于荷人否？志称荷兰设市于北，筑砖城，制若崇台。海滨沙环水曲曰湾，又泊舟处概调之湾。此台湾所由名也。如志所言，拘泥文字，以为附会之说，台湾果出荷人，则荷人著书当用其名，何以又称为小琉球耶？「蓉洲文稿」曰：『万历间，海寇颜思齐踞有其地，始称台湾』。思齐踞台早于荷人三年，若征此说，则台湾非出于荷人也明矣。然「蓉洲」之说亦有未碓者。「瀛壖百咏序」曰：『明季周婴「远游篇」载东番一篇，称其地为台员，盖闽音之讹也』。台湾之名入中国始于此。据是则土番之时，闽人巳呼东番为台湾矣。周婴，闽之莆田人。当明中叶，漳泉、人已有入台侨住者，一苇可航，闻见较确。或曰：台湾原名「埋冤」，为漳、泉人所号。明代漳、泉人入台者，每为天气所虐，居者辄病死，不得归，故以埋冤名之，志惨也。其后以「埋冤」为不祥，乃改今名。是亦有说。延平入处，建号东都。经立，改名东宁。是则我民族所肇造，而保守勿替者。然则我台人当溯其本，右启后人，以毋忘荜路蓝缕之劳也。
连横说：台湾这个名称，从什么时候开始，地方志记载不详，称呼互相不同。我们民族在这里生长，聚族而居，却不知道台湾名称的由来，岂不是数典忘祖吗？我曾考证史书，检验地理，隋唐时期以及宋元，都称为琉球。明朝人不清楚，就称为东番。所以《凤山县志》说：“或者元朝以前，此地与澎湖同属一国，同名琉球。”《台湾小志》也说：“福建人最初称台湾为小琉球，而称冲绳为大琉球。”称台湾为小琉球，不知依据何在？《文献通考》说琉球在泉州东面，有个岛屿叫澎湖，坐船五天能到，旁边是毗舍耶。《台海使槎录》说毗舍耶指台湾，不对。毗舍耶是吕宋群岛之一，靠近台湾，名称还在，所以说在它旁边。而旧时的称呼叫北港。《方舆纪略》说：“澎湖是漳州泉州的门户，而北港就是澎湖的唇齿。失去北港就唇亡齿寒，不只澎湖可虑，连漳州泉州也可忧了。北港在澎湖东南，也叫做台湾。”按北港一名“魍港”，就是现在的“笨港”，地在云林县西，从前是海船出入的口岸，往来的人就以北港称呼台湾。《台湾县志》说：“荷兰人进入北港，筑城居住，于是称为台湾。”但台湾的名称果然始于荷兰人吗？县志说荷兰人在北部设市，筑砖城，形状像高台。海滨沙环水曲叫湾，停船的地方也统称湾。这就是台湾名称的由来。像县志所说的，拘泥文字，当作附会之说，台湾如果出自荷兰人，那么荷兰人著书应该用他们自己的名称，为什么又称为小琉球呢？《蓉洲文稿》说：“万历年间，海盗颜思齐占据此地，才称为台湾。”颜思齐占据台湾比荷兰人早三年，如果取此说，那么台湾不是出自荷兰人就明显了。但《蓉洲》之说也有不确切的。《瀛壖百咏序》说：“明朝末年周婴的《远游篇》载有东番一篇，称其地为台员，大概是闽音的讹传。”台湾的名称传入中国从此开始。据此，那土著番人时期，福建人已经称东番为台湾了。周婴是福建莆田人。明朝中期，漳州泉州人已有入台侨居的，一苇可航，见闻较确。也有人说：台湾原名“埋冤”，是漳州泉州人所起的。明代漳州泉州人入台的，常受天气所害，居住者常病死，回不去，所以叫埋冤，记录惨状。后来觉得“埋冤”不吉利，就改为今名。这也有说法。郑成功入台，建立国号东都。郑经继位，改称东宁。这是我们民族开创的，并且坚持守护下来的。因此我们台湾人应当追溯根本，启迪后人，不要忘记披荆斩棘的艰辛。
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